「よし、アップデートも完了したし、ガンガン続きやってくか〜！」
と思いきや、あれれ、ウィロー博士の挨拶はじまっちゃったよ・・・？
ここでとりあえずめっちゃ焦りますよね。
まさかデータが消えた！？上書きされた！？って思います、普通は。
でもですね、安心して大丈夫です。
元のデータが消えたり上書きされたわけではないので、とりあえず落ち着きましょう。
あくまでGoogleアカウントが複数ある場合に起こるバグだそうです。
ポケモンGO公式でもこちらの問題に言及して対処法を示しています（全文英語ですが）
アプデで初期化・ログインできない人に送る解決策
というわけでこちらでは日本語で解決策を説明していきます。
まずは仕方ないので、ニックネームをつけるまで進めましょう。
そしたらモンスターボールボタンを押して右上の「設定」からサインアウトします。
（一番したのほうにあります。）
サインアウトしたら、ログインに利用するアカウントサービスの選択画面で「GOOGLE」のアイコンを選択ですね。
そして、「PokemonGOが次の許可をリクエストしています」の画面の右上のgmailアドレスを確認しましょう。
するとおそらく、普段使っていないサブアドレスが表示されているはずです。
そこの▼をクリックし、思い当たる他のアドレスとパスワードを入力してログインし直したら、右上の表示アドレスが変わったことを確認して「許可」を押します。
すると無事、元のデータが復元しました！
ちなみに、ここでも再びサインアウトして先ほどの手順を繰り返せば、サブアカウントで入り直すこともできます。
気分転換にサブアカウントでポケモンGOをやってみるのもいいかもしれませんね！
まとめ
あくまでGoogleでアカウントを作った方向けの解決策ですが、多くの人がここで初期化されたりログインできず困ったことかと思います。
今後のことも考えて、一応紙やメモ帳などにアカウントのIDとPWは控えておくこともおすすめしておきます。